RESUMEN Con la implantación de un programa de buenas prácticas agrícolas (BPA), se busca principalmente reducir los riesgos asociados a la producción agrícola, como componente primario de la compleja cadena agroalimentaria; aunque en principio las BPA se orientaron hacia la prevención de los peligros asociados con la higiene e inocuidad de los alimentos, su horizonte ha ido creciendo y en la actualidad incluye temas relacionados con la protección del medio ambiente, el bienestar y la seguridad de los trabajadores y la trazabilidad como elementos constitutivos de un sistema de gestión de la calidad. La actual incidencia de la calidad en el ámbito agroalimentario, exhorta a los responsables de las organizaciones del sector a implantar un protocolo que les permita asegurar que sus productos se adaptan a las exigentes normativas en materia de higiene y calidad, situación que facilita el acceso a los cotizados mercados especializados. Los principales fracasos en un programa de BPA se deben principalmente a la incertidumbre que se presenta en la etapa de implantación del protocolo, como consecuencia de la poca atención que se presta a aquellos aspectos de cuyos resultados depende en gran medida el éxito de la gestión de la calidad en una organización, comúnmente denominados Factores Críticos. El presente trabajo desarrollado en la modalidad de “Tesis doctoral”, comprende dos grandes secciones; en la primera sección se realiza la identificación los factores críticos para implantar un programa de BPA en productores de café y frutas en el departamento del Huila en Colombia, utilizando un análisis de componentes principales (ACP) sobre los resultados de la aplicación de dos instrumentos de evaluación con estructura definida: el instrumento Starbucks C.A.F.E. practices - pequeños caficultores para el caso de los productores de café y el instrumento EUREPGAP V2.1 Oct.2004 – Checklist/Listado de verificación para frutas y Hortalizas, aplicado a los productores de fruta. La segunda parte del estudio fue considerada como la solución de un problema complejo para establecer el orden de prioridades de los factores identificados en el apartado anterior, sobre la implantación del protocolo de buenas practicas agrícolas, se resolvió mediante la utilización de una técnica de decisión multicriterio, utilizando específicamente un proceso de análisis jerárquico (AHP); así mismo, se definió el orden mas adecuado para la implementación de las alternativas de solución que permitirán superar las barreras impuestas por los factores críticos. Las técnicas estadísticas multivariantes y específicamente la realización del análisis factorial exploratorio precedido de un análisis descriptivo permitieron identificar seis factores críticos: infraestructura, actividades del proceso de producción establecido, toma y mantenimiento de registros, conciencia medioambiental, bienestar y seguridad de los trabajadores y control de la calidad; por su parte, la solución del problema complejo, permitió determinar que la barrera mas influyente para el proceso de implantación de un protocolo de BPA la constituye el factor infraestructura y que los demás factores críticos alcanzan un nivel de afectación importante, advirtiendo sobre los riesgos que tendría el hecho de desatender cualquiera de los factores críticos identificados; así mismo, mediante el análisis jerárquico de las alternativas de solución se recomienda que antes de realizar cualquier tipo de inversión en infraestructura, se implemente un programa de capacitación sobre aquellos aspectos en los que se detectaron las principales deficiencias.